基因资源库包括低温低湿库、超低温库、组培平台和数据库，建有完善的“一库三系统”资源保护与利用体系，是国家都市特色作物种质资源中期库、国家作物种质资源库（上海分库）、上海市农作物种质资源共享服务平台。资源库收集保存93科360种22万份资源，是全球水稻功能基因资源保存数量最多机构，全国生菜资源保存数量最多机构。获得一系列超低温保存、离体保存相关的发明专利和实用新型专利授权。建成具有自主知识产权的种质资源信息管理系统，实现了对实物资源与数据资源的高效管理和全社会共享，分发利用资源超过9万份次。 

低温低湿库保存系统186㎡、种子保存前处理工作区270㎡。按不同的保存条件分成长期库、中期库和可调库，可分别实现种质资源安全保存50～100年、20～50年、5～10年。可保存30多万份种质资源。

超低温库 保存系统占地面积86㎡，配置了6个860升室内保藏罐和室外液氮储备罐，可保存基因资源5万份以上。

组培平台建立了成熟高效的遗传转化体系和花药培养体系和多倍体种质的创制、鉴定和筛选的技术体系。

数据库工作职责是种质资源信息化建设，及其安全运行保障。

负责资源数据挖掘、数据共享服务和利用。现构建了资源信息管理系统、用户服务管理系统、基因资源数据库系统等种质资源信息管理“三系统”。基本实现了实物数据化、数据标准化、共享信息化。负责网络建设与运行维护。保障网络、信息等正常运行及安全。