2000年，上海市设立重大专项启动了“上海市农业基因库”的建设。2002年，基因库建成后，成立了“上海市农业生物基因中心”管理运行该基因库，主要从事农业生物基因资源收集、保存、研究和利用的公益性科研事业单位，隶属于上海市农业农村委，委托上海市农业科学院管理。

种质资源是国家战略资源，资源收集保护是一项基础性、长期性、公益性和战略性科研工作。基因中心种质资源库是综合性的农业种质资源保存中心，建立了国内领先，国际先进的“一库三系统”的种质资源保护和利用体系，实现了种质资源库全程信息化可追溯管理，安全保存了93科360种23万余份种质资源，建成了全球最大的水稻功能基因资源库和全国最大的生菜种质资源库。发展超低温保存技术，开展野生稻、药用植物资源和球宿根花卉的超低温保存。积极开展基因资源科学普及，建立了“基因园”科普馆，常年举办科普开放日活动，制作了一系列科普微视频、动漫、图书，编排科普舞台剧，传播科学知识，普及基因资源的重要性。

发展节水抗旱稻是一项具有国际引领性的原创科研工作。我们建成了国际一流的水稻抗旱性鉴定专用设施和高通量表型鉴定平台；2016年农业农村部制定了节水抗旱稻行业标准；2018年农业农村部启动了节水抗旱稻全国区域试验；2019年“节水抗旱鉴定中心”获得CMA资质认证。节水抗旱稻结合了水稻高产优质和旱稻节水抗旱的特性，是一种新的水稻类型，既可以像水稻一样在水田节水栽培，又可以像小麦一样在旱地种植。直播旱管的栽培模式，改变了水稻传统淹水种植方式，可节水50%以上，减少化肥施用量30%以上，减少面源污染70%以上，减少碳排放90%以上，实现了“资源节约、环境友好、农田增值、农民增收”的绿色农业生产目标。节水抗旱稻为安徽棉花、玉米和大豆种植区以及沿淮河低洼易涝区域的种植结构调整，为浙江推进山改田，向山地要粮，保障粮食安全，为海南推进国际生态岛建设，为东北减少地下水抽取、保护生态系统发挥了积极作用。目前，中心育成节水抗旱稻系列品种29个，其中国审品种5个，年推广面积300万亩以上。种植区域已经覆盖了国内长江上游、中下游稻区，华南稻区，代表品种“旱优73”目前是长三角地区种植面积最大的杂交稻品种，年种植面积达150万亩。在东北、华北等粳稻区展开了大范围的适应性试验，在“一带一路”国家进行示范推广。

成立至今，中心先后获得上海市科技进步或技术发明或科学普及一等奖5项，获得2013年度国家技术发明二等奖1项， 2020年度国家科技进步一等奖1项，实现了上海市在农业领域获国家科技大奖的零的突破。

本着“立足上海、面向全国、接轨世界，为我国农业的持续发展准备物质与技术基础”的宗旨，通过资源的收集保存，使今天的财富完整地传承给子孙后代；通过节水抗旱稻的研发创新，使育成的新品种播撒全球的每个角落。