为了促进特色基因资源的收集保存，增进中心的对外合作与交流，提高科技创新能力，推动农业生物种质资源学科的建设发展和科技人才的培养，特设立重要基因资源收集专项基金。资助对象为我国高等院校、科研院所组织申请针对特色资源的收集评价的基础研究课题。经费主要来源于基因中心。基金项目按照有关攻关项目的评审原则和管理模式，面向全国，限额申请，通过专家评审择优支持。2007年至今，已与全国7个高校、12个农科院所开展资源合作收集工作，收集到各类资源1万余份，其中包括两湖流域特种稻资源近1000份，各类玉米遗传材料4000多份等。
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